Si hanno davvero poche notizie sui primi anni di vita di Giovanni; egli visse a Mantova e potrebbe aver appartenuto al nobile casato Bonomi, a cui forse si collega l’appellativo “bono” (anche se è ,più probabile che sia stato un epiteto dovuto alla successiva santità, a dire “Giovanni il Buono”). Rimasto orfano di padre all’età di quindici anni, se ne andò da casa girovagando per le corti principesche e le case di uomini benestanti come giullare o clown, e conducendo una vita licenziosa e depravata, «anche se sempre seguito dalle preghiere della devota madre» (B.T.A.). Nel 1208, all’età di circa quarant’anni si ammalò gravemente e, coerentemente a una decisione presa durante la malattia, quando guarì decise di cambiare condotta di vita. Dopo aver consultato il vescovo di Mantova, ottenne il permesso di diventare eremita e scelse come dimora un eremo nei pressi di Cesena, dove condusse una vita di preghiera, resistendo alle tentazioni di ritornare alla vita lussuriosa precedente con tale successo che la fama della sua santità indusse molte persone a unirsi a lui. Per un certo periodo essi vissero seguendo le direttive che Giovanni dava a seconda delle immediate necessità, ma, nel momento in cui fu costruita la chiesa e la loro comunità divenne più stabile, Giovanni fece richiesta di una regola definitiva a papa Innocenzo IV, che gli concesse di seguire quella di S. Agostino.
Malgrado l’età oramai avanzata, Giovanni non diminuì le penitenze a cui si sottoponeva; si ritiene infatti che osservasse tre quaresime ogni anno e indossasse solamente un leggero indumento anche nei periodi più freddi. Numerosissimi miracoli gli sono stati attribuiti: era in grado, per esempio, di stare su carboni ardenti senza bruciarsi. Uno di questi casi è stato ben documentato negli atti del processo di canonizzazione avviato soltanto due anni dopo la sua morte: mentre stava ammaestrando i propri discepoli esortandoli a non temere nulla, né il freddo, né il caldo, né la fatica, né le tribolazioni, perché Dio sarebbe sempre intervenuto a loro favore, calpestò il fuoco e iniziò a spostare le braci con i piedi «per la durata di un mezzo Miserere». Testimoni indipendenti furono attentamente sottoposti a controinterrogatorio sull’episodio, ed essi fornirono sostanzialmente la stessa versione dei fatti.
A quel tempo alcuni ex compagni lo accusarono con malizia di aver compiuto gravi trasgressioni ma egli non si difese mai da tali calunnie, se non con una semplice negazione. Erano tante le persone che si recavano da lui o per la curiosità che suscitava o per accostarsi al sacramento della confessione, che decise di andarsene in segreto per vivere il resto della vita nella solitudine che aveva sempre desiderato. Nonostante avesse camminato tutta la notte, il mattino seguente si ritrovò davanti alla sua cella, giungendo alla conclusione che la volontà di Dio era che vi rimanesse. Morto a Mantova nel 1249, la sua tomba ottenne presto una grande fama per i miracoli verificatisi su di essa. Il processo di canonizzazione iniziò già nel 1251, mentre nel 1672 il suo nome fu aggiunto nel Martirologio Romano anne beatus. La sua congregazione, chiamata dei boniti, non sopravvisse a lungo in maniera indipendente; subito dopo la morte di Giovanni essa disponeva infatti di undici case, che però nel 1256 papa Alessandro IV unì a diverse altre congregazioni, dando origine all’Ordine dei frati eremiti di S. Agostino.